生物有機肥是將微生物與禽畜糞便或農作物秸稈等經過無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的兼具微生物肥料和有機肥肥效的肥料，生物有機肥含的營養物質比較全面，含有氮、磷、鉀及鈣、鎂、硫、鐵等一些微量元素。生物有機肥制作有些復雜，需要購置有機肥設備。
農家肥的種類繁多且來源廣，數量大，農民可自行將禽畜糞便、廄肥或農作物秸稈等混淆，堆積而制成有機肥料，成本比較低，操作簡單。
農家肥與生物有機肥的區別：
1，有益微生物含量不同
生物有機肥含有大量的有益微生物，有益微生物的運動可以改良土壤促進被土壤固定養分的釋放，抑制有害微生物的生長，促進農作物的生長。
農家肥有益微生物含量較少，有害微生物可以與有益微生物共生。
2，肥效不同
生物有機肥發酵時間短，腐熟徹底，養分損失少，肥效相對較快。農家肥通常是在露天長時間堆積，養分特別是氮素損失會比較多，肥效比較遲緩。
3，安全性不同
生物有機肥經過有益微生物的作用以及完全發酵腐熟，蟲卵死亡率達到95%以上，基本消滅了禽畜糞便中原有的對農作物有害的蟲卵和病原菌，且不會造成農作物燒根燒苗的現象。
農家肥堆放簡單，自然發酵，腐熟不徹底，蟲卵死亡率低，且用量稍大，就會出現燒根燒苗，導致減產的后果。
4，易用性不同
生物有機肥經過發酵處理后沒有臭味，施用方便，施肥均勻。
農家肥有很大的惡臭味，且施用起來不方便，肥料施用不均勻。